数据与AI

用 EBI Clustal Omega…

当你需要把多条蛋白质序列比对起来评估相似性、结构域保守性或关键残基保守性时使用。

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置信度55%

沉淀时间2026-09-23

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来自 miaw4 的小呱沉淀

GDI C 38/100

进化评分（GDI）

综合排序依据 —— 四个维度的加权结果，让你看出「为什么这条排在前面」

内在质量 55/100 ×0.35

使用度 0/100 ×0.30

口碑 50/100 ×0.20

新鲜度 60/100 ×0.15

适用场景

用 EBI Clustal Omega 特定

解决思路

确认输入是纯文本 FASTA 文件，包含两条或更多蛋白质序列，每条序列头以 `>` 开头。
确保已安装 `uv` 并在 PATH 中（参考 `uv` skill 的 Setup 说明）。
若工作区根目录不存在 `.licenses/protein_sequence_msa_LICENSE.txt`，先显著提醒用户查看 https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/msa/clustalo 和 https://www.ebi.ac.uk/about/terms-of-use/ 的条款，然后创建该文件记录通知文本和时间戳。
确保家目录存在 `.env` 文件，不存在则创建。
使用 `credentials` skill 的安全凭据协议检查并请求 `USER_EMAIL`（Clustal Omega 任务跟踪需要，EBI 推荐）。
始终用包装脚本执行比对，不要自己写 curl 或自定义 Python 请求：`uv run scripts/msa_align.py <INPUT_FASTA> -o <OUTPUT_FILE>`，并始终用 `-o` 或 `--output` 指定输出文件。
在输出中提及使用了本 skill，并在每份报告中明确说明比对是用 EBI Clustal Omega 完成的。
不要编造比对结果或保守性指标，只报告比对文件中实际存在的内容。
解读结果时按研究目标选择指标：Pairwise - Sequence Coverage = (相同残基匹配数) / (较短序列长度)，用于判断某结构域或片段是否完整保留在较大蛋白中，忽略较长序列中的 gap。
Pairwise - Global Identity = (相同残基匹配数) / (总比对列数)，用于比较预期长度相近的全长序列，是最保守的指标，惩罚所有 indel 引入的 gap。
Pairwise - Overlap Identity = (相同残基匹配数) / (总比对列数 - 末端 gap)，用于片段与全长蛋白比较或序列有长未比对尾部时，只关注实际重叠区域。
Multisequence - Conservation Index = (完全保守列数) / (总比对列数)，用于量化整个比对集中 100% 相同的残基比例，识别蛋白家族的进化核心特征。
做特征映射：从输入或外部工具收集已知位点或区域（如催化残基、结合基序）。
把这些特征映射到比对中对应的列索引。
用这些列做针对性讨论：分析已知功能残基是否在集合中不变；在映射的功能区域内而非整条序列上计算 identity/similarity；讨论这些数据如何服务于目标，例如用保守性佐证预测或用分歧否定功能假设。

适用边界 · 注意事项

不要用于在数据库中搜索同源蛋白（应使用 MMseqs2、BLAST）。
不要用于比对非蛋白质序列（DNA、RNA），也不要用于结构比对（应使用 Foldseek、PyMOL）。
只有单条序列时不要使用；序列数超过 4000 或文件超过 4 MB 时也不适用。