写学术论文、规划/修改/查引用/双语摘要/审稿回复与 AI…

适用于从配置、文献、结构、论证、起草到引用、摘要、评审、格式化、修订与 rebuttal QA 的完整学术论文写作流程。

适用场景

解决思路

1. 使用 12-agent academic paper pipeline；覆盖全学科，默认以高等教育领域为参考。
2. 可选启动 Style Calibration：在 intake Step 10 提供 3+ 篇过往论文，让流水线学习写作声音（句子节奏、词汇偏好、引用整合方式）；作为起草时的软性指南，学科惯例始终优先。参见 shared/style_calibration_protocol.md。
3. 在草稿自审步骤应用 Writing Quality Check：按上下文诊断含糊或过度使用的词、打断论证的标点、清嗓子式开头、损害清晰度的段落/句子形态；提示词是判断辅助，服从作者和 venue 要求，不是配额。参见 references/writing_quality_check.md。
4. 遵守 Routing discipline v3.9.2：跨阶段/含糊材料应在上游澄清后再进入本技能；参见 .claude/CLAUDE.md 和 shared/references/intent_clarification_protocol.md。
5. 最小命令示例：`Write a paper on the impact of AI on higher education quality assurance`；`Write a paper on the impact of declining birth rates on private university management strategies`。
6. 执行流程：1 Configuration interview；2 Literature search；3 Architecture design；4 Argumentation construction；5 Full-text drafting；6 Citation compliance + bilingual abstract（并行）；7 Peer review；8 Output formatting。
7. Plan Mode 激活规则：当用户想要指导、逐步规划，或对论文结构不确定时，激活 plan mode；在 plan 与 full 之间含糊时默认优先 plan。参见 references/plan_mode_protocol.md。
8. 明确不触发的替代：深度研究/事实核查用 deep-research；结构化评审论文用 academic-paper-reviewer；完整研究到论文流水线用 academic-pipeline。
9. 与 deep-research 区分：本技能主输出可发表论文草稿；结构为期刊就绪（IMRaD 等）；引用支持 APA/Chicago/MLA/IEEE/Vancouver；双语摘要；模拟 5 维评审；输出 LaTeX/DOCX(via Pandoc)/PDF/Markdown；修订循环最多 2 轮。
10. 使用 12 个 agent：intake_agent（Phase 0 配置访谈/交接检测/plan mode 简化访谈）；literature_strategist_agent（Phase 1 搜索策略/来源筛选/注释书目/文献矩阵）；structure_architect_agent（Phase 2 结构选择/详细大纲/字数分配/证据映射）；argument_builder_agent（Phase 3/Plan Step 3 论证构建/claim-evidence chains/逻辑流/反论处理/plan mode 论证压力测试）；draft_writer_agent（Phase 4 逐节全文起草/学科语域调整/字数跟踪）；citation_compliance_agent（Phase 5a 引用格式验证/参考文献完整性/DOI 检查）；abstract_bilingual_agent（Phase 5b 按 pair 双语摘要/关键词数）；peer_reviewer_agent（Phase 6 模拟双盲评审/五视角分类评估/修改建议，最多 2 轮）；formatter_agent（Phase 7 转换 LaTeX/DOCX via Pandoc/PDF/Markdown/期刊格式/cover letter/引用格式转换）；socratic_mentor_agent（Plan mode 苏格拉底导师/逐章引导/收敛标准 4 signals/问题分类 4 types/INSIGHT extraction）；visualization_agent（Phase 4/7 解析论文数据并生成出版级图表代码 Python matplotlib/R ggplot2，APA 7.0 格式、色盲安全调色板、LaTeX 集成）；revision_coach_agent（Revision-Coach mode 解析非结构化审稿意见为 Revision Roadmap，或把明确识别的真实委员会意见放入 #668 source-accounted concern tracker，可独立运行）。
11. 输出文本格式：LaTeX (.tex + .bib)、DOCX (via Pandoc)、PDF (via LaTeX 或 Pandoc)、Markdown。
12. 当论文含定量结果，使用 visualization_agent 生成出版级图表：Python matplotlib/seaborn 或 R ggplot2，APA 7.0 格式、色盲安全调色板；交付可运行代码 + LaTeX `\includegraphics` 集成代码。参见 references/statistical_visualization_standards.md。
13. 引用格式：APA 7.0 默认，支持 Chicago (Author-Date 或 Notes-Bibliography)、MLA 9、IEEE、Vancouver；formatter_agent 支持通过 `Convert citations to [format]` 在任意两种支持格式间做后期转换。
14. 按 8 阶段编排：Phase 0 CONFIG -> intake_agent -> Paper Configuration Record；Phase 1 RESEARCH -> literature_strategist -> Search Strategy + Source Corpus；Phase 2 ARCHITECTURE -> structure_architect -> Paper Outline + Evidence Map；Phase 3 ARGUMENTATION -> argument_builder -> Argument Blueprint；Phase 4 DRAFTING -> draft_writer -> Complete Draft；Phase 5a CITATIONS -> citation_compliance -> Citation Audit Report；Phase 5b ABSTRACT -> abstract_bilingual -> Bilingual Abstract + Keywords（与 5a 并行）；Phase 6 PEER REVIEW -> peer_reviewer -> Review Report（最多 2 轮修订）；Phase 7 FORMAT -> formatter -> Final Output Package。参见 references/workflow_phase_details.md。
15. Review-target criteria binding #684：当 Phase 0 产生作者确认的 ReviewTargetContext #683，orchestrator 初始化一个 pointer-only ReviewCriteriaBindingManifest，并在 formative、internal-evaluator、external-panel 消费方之间保持不变；生命周期见 shared/references/review_criteria_consumer_protocol.md。
16. Phase 2 拥有 FORMATIVE receipt：Structure Architect 将选定的 criterion ids 映射到计划章节和证据需求；后续写作阶段复用该 receipt，不重新解析 target。
17. Phase 6a 接收同一 pointer authority 和 Target Criteria Brief，同时保持 paper-blind；其 pre-commitment artifact 拥有 INTERNAL receipt。Phase 6b 接收未变 artifact，可在看到草稿后评估适用性，并拥有任何 Critical/Major constructive finding sidecar。
18. 保持科学有效性、venue fit、submission readiness 相互独立；criteria 绝不授权编造证据、结果、方法，或改变作者贡献声明。
19. Binding validation 只是 handoff-conformance check；绝不提供 editorial verdict、severity、checkpoint state 或 author triage。若 binding 不可用，披露 `criteria_binding_unavailable`；不要声称 venue alignment，也不要静默从模型记忆重建 target。
20. Checkpoint 规则：IRON RULE，用户必须在进入 Phase 1 前确认 Paper Configuration Record。
21. Checkpoint 规则：Phase 2 -> 3，用户必须批准 outline（可要求重构）。
22. Checkpoint 规则：IRON RULE，最多 2 轮修订循环；未解决项转为 `Acknowledged Limitations`。
23. Checkpoint 规则：Peer Review 的 Critical-severity issues 阻止进入 Phase 7。
24. Checkpoint 规则：如果用户自己提供 sources，可跳过 Phase 1（literature）。
25. v3.4.0 compliance：finalization 前，compliance_agent 运行 RAISE principles-only check（warn-only；primary research 不在 PRISMA-trAIce 范围）。Warnings 列在 disclosure statement 中，但绝不阻塞 pipeline。参见 shared/raise_framework.md §Scope disclaimer。
26. Phase-by-phase Invocation Contract v3.9.2：Mode A（默认，orchestrator-driven）：pipeline_orchestrator_agent（在 academic-pipeline skill 中）端到端运行所有阶段，通过 Material Passport 跟踪状态。
27. Mode B（phase-by-phase，跨会话恢复）：用户跨会话一次调用一个 agent 完成一个阶段；常见模式：一个会话写草稿，下周回来独立做 citation-check/abstract/peer-review。
28. Mode B 中，single-phase agents（Bucket A）写入时严格停留在 assigned phase。7 个 Bucket A agents：literature_strategist P1、structure_architect P2、draft_writer P4/P6 per invocation、citation_compliance P5a、abstract_bilingual P5b、peer_reviewer P6、formatter P7。允许读取上游阶段。
29. Multi-phase agents（Bucket B）：argument_builder P3+Plan、visualization P4+P7 在同一调用中只做调用方为该阶段指定的工作，不扩展到其他阶段。
30. v3.6.6 generator-evaluator contract 额外约束 draft_writer 和 peer_reviewer 的子阶段行为（Phase 4a/4b、Phase 6a/6b）。
31. 进入 Mode B 需要明确用户信号：`/ars-<mode>` slash command 或 `[direct-mode]` 前缀。含糊的跨阶段输入默认按 .claude/CLAUDE.md Routing Discipline + shared/references/intent_clarification_protocol.md 澄清。
32. Enforcement v3.9.2：Bucket A agents 上有 Phase Boundary blocks + advisory verifier `scripts/check_pipeline_integrity.py` + hook-enabled runtime 中 deterministic PreToolUse write-scope guard（#134 rescope，PR #294）。Multi-phase envelope 保持 forward-scope（#134 Slices 3-5）。
33. v3.6.6 Generator-Evaluator Contract Protocol 只适用于 `academic-paper full` mode。九个非 full modes（plan、outline-only、revision、revision-coach、abstract-only、lit-review、format-convert、citation-check、disclosure）以及后来加入的 rebuttal-audit 不调用此协议。
34. Pipeline boundary：academic-pipeline Stage 2 以 plan 或 full mode 派发 academic-paper（只有 full 调用此协议）；Stage 3 派发单独的 academic-paper-reviewer skill（5-panel external editorial review）。in-pair Phase 6 evaluator 和 Stage 3 reviewer 是不同 review layers。
35. v3.6.6 将 Phase 4 writer drafting 和 Phase 6 in-pair evaluator review 拆成 paper-blind / paper-visible call pairs，由 `writer_full` 和 `evaluator_full` contracts 门控。
36. 物理分离调用：writer Phase 4a 绝不看 runtime drafting artefacts；evaluator Phase 6a 绝不看 writer Phase 4b draft。这破坏“read the paper, then rationalise the standard”的漂移路径。
37. Phase 4a writer paper-blind pre-commitment：system prompt 用 draft_writer_agent.md 中 `### Phase 4a — Writer paper-blind pre-commitment` 子节；user content 只含 `writer_full` contract JSON + paper metadata（`title`、`field`、`word_count`）；输出 `## Acceptance Criteria Paraphrase` + terminal `[PRE-COMMITMENT-ACKNOWLEDGED]`；lint 3 structural checks。
38. Phase 4b writer paper-visible drafting + self-scoring：system prompt 用同一文件 `### Phase 4b — Writer paper-visible drafting + self-scoring` 子节；user content 含重新注入的 `writer_full` contract JSON + `<phase4a_output>...</phase4a_output>` 包裹的 Phase 4a 输出 + 上游 drafting artefacts（Paper Configuration Record、Paper Outline、Argument Blueprint、Annotated Bibliography 含 Search Strategy / Schema 2 `search_strategy` #548、可选 Style Profile、可选 Knowledge Isolation Directive）；输出 `## Draft Body` -> `## Dimension Scores` -> `## Failure Condition Checks` -> `## Writer Decision`；lint 4 structural checks。
39. Phase 6a evaluator paper-blind pre-commitment：system prompt 用 peer_reviewer_agent.md 中 `### Phase 6a — Evaluator paper-blind pre-commitment` 子节；user content 含 `evaluator_full` contract JSON + paper metadata + writer 最近 `<phase4a_output>` + 活跃时的 pointer-only #684 manifest/Target Criteria Brief/`INTERNAL` marker；输出 `## Contract Paraphrase` + `## Scoring Plan`（每维度 `dimension_id` / `what_to_look_for` / `what_triggers_block` / `what_triggers_warn`）+ pointer-only binding commitment（或 `criteria_binding_unavailable`）+ terminal `[PRE-COMMITMENT-ACKNOWLEDGED]`；不引入额外 H2；lint 5 structural checks。
40. Phase 6b evaluator paper-visible scoring + decision：system prompt 用同一文件 `### Phase 6b — Evaluator paper-visible scoring + decision` 子节；user content 含重新注入的 `evaluator_full` contract JSON + `<phase6a_output>...</phase6a_output>` + writer 的 `<phase4a_output>`（无条件，按 `pre_commitment_check_protocol.check_writer_artifact`）+ writer Phase 4b draft + Phase 6a 提供过的未变 #684 authority；输出 `## Dimension Scores` -> `## Failure Condition Checks` -> `## Review Body` -> `## Evaluator Decision`，外加 role marker/unavailable disclosure 和适用时单独验证的 constructive sidecar；lint 5 structural checks。
41. System prompt vs user content discipline：system prompt 只携带不变 policy 文本（agent 文件中的 phase 子节指令、lint 描述、phase-boundary tag conventions）；user content 携带每次调用重新注入的 contract JSON + 该阶段允许的 runtime inputs（paper metadata、`<phase4a_output>`/`<phase6a_output>` delimiter blocks、上游 drafting artefacts、paper draft）。所有动态 LLM 输出（Phase Na runtime emissions、paper content）通过 data delimiters 放在 user content，绝不放在 system prompt。
42. 区分 Schema field name 与 runtime emission：`pre_commitment_artifacts`（snake_case，backticks）是 `shared/sprint_contract.schema.json` 中的 schema field name，是 frozen contract baseline 的配置声明；“writer Phase 4a pre-commitment output”是 runtime emission，是 writer agent 在 Phase 4a 实际发出的 Markdown 文本，活在 `<phase4a_output>` 中并交给 Phase 4b/6a/6b。`disagreement_handling`（schema field）与“evaluator Phase 6a pre-commitment output”（runtime emission）同理。不要把两者混淆。
43. Phase 4a / 6a output lint：Writer Phase 4a（3 checks）：required sections 按顺序（`## Acceptance Criteria Paraphrase`、terminal `[PRE-COMMITMENT-ACKNOWLEDGED]`）；paraphrase paragraph count >= `pre_commitment_artifacts.acceptance_criteria_paraphrase.minimum_dimensions`；Phase 4a 内容只引用 contract JSON + paper metadata。没有 `## Scoring Plan`，因为 `writer_full` 不含 scoring_plan。Evaluator Phase 6a（5 checks）：required sections 按顺序（`## Contract Paraphrase`、`## Scoring Plan`、terminal `[PRE-COMMITMENT-ACKNOWLEDGED]`）；paraphrase paragraph count >= `disagreement_handling.paraphrase_minimum_dimensions`；每个 acceptance dimension 一个 `### <Dn>: <name>` 子节；每个 scoring_plan 子节包含 `disagreement_handling.scoring_plan.per_dimension_criteria` 四字段形状（`dimension_id`、`what_to_look_for`、`what_triggers_block`、`what_triggers_warn`）；Phase 6a 内容只引用 contract JSON + paper metadata + writer 的 `<phase4a_output>` + paper-blind #684 pointer authority（不含 full draft/paper content）。Binding commitment 是 Scoring Plan 之后的无 bullet pointer data，不是额外 H2。Retry：第一次 lint failure -> retry once，并在 system prompt 中提示具体 lint gap；第二次 failure -> 按 “Single-agent generator unusable handling” 标记该 role unusable。
44. Phase 4b / 6b output lint：Writer Phase 4b（4 checks）：required sections 按顺序 —— `## Draft Body`、`## Dimension Scores`、`## Failure Condition Checks`、`## Writer Decision`；Dimension Scores 与七个 writer dimensions D1–D7 一一对应（按 `shared/contracts/writer/full.json`）；Failure Condition Checks 与 F1/F4/F2/F3/F0 一一对应；Writer Decision 可由 F-condition severity precedence 推导。无 multi-dissent retry；无 consistency check。Evaluator Phase 6b（5 checks）：required sections 按顺序 —— `## Dimension Scores`、`## Failure Condition Checks`、`## Review Body`、`## Evaluator Decision`；Dimension Scores 与五个 evaluator dimensions D1–D5 一一对应（按 `shared/contracts/evaluator/full.json`）；Failure Condition Checks 与 F1/F2/F3/F6/F4/F5/F0 一一对应；consistency check（Phase 6b score substring-matches Phase 6a `disagreement_handling.scoring_plan.per_dimension_criteria` trigger tokens）；Evaluator Decision 可由 F-condition severity precedence 推导。无 multi-dissent retry（evaluator 的 intra-phase disagreement 通过 `disagreement_handling.disagreement_resolution` 编码为 F-condition action）。
45. Lint count summary：Reviewer(zero-touch) Phase 1/4a/6a = 5，Phase 2/4b/6b = 6；Writer Phase 4a = 3，Phase 4b = 4；Evaluator Phase 6a = 5，Phase 6b = 5。
46. Single-agent generator unusable handling：当 writer 或 evaluator phase 不可用（Phase Na lint 两次失败 OR Phase Nb lint 失败），academic-paper 发出 phase-level abort tag 并交给用户干预。
47. Writer Phase 4 unusable -> `[GENERATOR-PHASE-ABORTED: role=writer, contract=<id>, reason=<lint_failure_kind>]` -> abort academic-paper Phase 4 -> 用户干预决定 retry/fallback/regression 到 Phase 3（Argument Blueprint）。
48. Evaluator Phase 6 unusable -> `[GENERATOR-PHASE-ABORTED: role=evaluator, contract=<id>, reason=<lint_failure_kind>]` -> abort academic-paper Phase 6 -> 用户干预决定 retry/fallback/regression 到 Phase 5（Drafting completion）。
49. `[GENERATOR-PHASE-ABORTED]` 不构成有效 Phase 6b emission，不能进入 Stage 3 reviewer dispatch。两条有效 Stage 3 entry paths：Standard path = evaluator Phase 6b 发出 F0 `evaluator_decision=accept` 或 F4 `evaluator_decision=accept_with_dissent_note`；Exceptional path = evaluator Phase 6b 发出 F5 `evaluator_decision=flag_for_reviewer_stage`，发生在 in-pair revision loop 第 2 轮耗尽且 mandatory-dimension block 反复出现之后。
50. academic-paper 对 writer/evaluator 不携带 panel cardinality invariant（无 `panel_size` field）；没有 `[PANEL-SHRUNK]` 类比；`[GENERATOR-PHASE-ABORTED]` 是 phase-level abort。
51. Operational monitor：跟踪 `[GENERATOR-PHASE-ABORTED]` rate 在 v3.6.6 部署前三个月；分母是 per `academic-paper full` run（一次用户感知的 top-level invocation）；5% threshold = `(runs_with_any_abort) / (total_runs)`；若超过 5%，v3.6.7 引入 graceful-degradation fallback。
52. Cross-session resume scope：v3.6.6 generator-evaluator round（Phase 4a + 4b + 6a + 6b + in-pair revision loop）是 in-session atomic unit。手动 mid-round 拆分会丢失 writer Phase 4a output；新 session 必须从 Phase 0 重启 `academic-paper full`。
53. v3.6.3 `ARS_PASSPORT_RESET=1` 的 `reset_boundary[]` 机制（按 `academic-pipeline/references/passport_as_reset_boundary.md`）作用于 academic-pipeline Stage boundaries，而不是 academic-paper internal phase boundaries。academic-paper internal phases（4a/4b/6a/6b）不是 boundary points；它们之间不发出 `kind: boundary` ledger entry。v3.6.7+ 可能在 operational data 支持时引入 `pre_commitment_history[]` 跨 session 持久化 writer Phase 4a artefacts。
54. Known limitations：v3.6.6 无 graceful-degradation fallback；writer/evaluator phase abort 时 full 中止并转用户干预；v3.6.7 可能降级到 v3.6.5 single-call behaviour 并记录 degradation。
55. Known limitations：mid-round 无跨 session resume；四阶段 generator-evaluator round 是 in-session atomic unit；v3.6.7+ 可能引入 `pre_commitment_history[]` ledger entry in Schema 9，v3.6.6 未实现。
56. Known limitations：in-pair Phase 6 evaluator 与 `academic-paper-reviewer` external review 服务不同 review layers，按 design doc §1 known limitations 作为 technical debt 记录；routing/merge decisions 延后到 v3.7.x。
57. Operational Modes（11 种）：`full`：触发 “Write a paper”；Agents 全部 9（若定量再加 11）；输出完整论文草稿（适用时含图表）。`outline-only`：触发 “Paper outline”；Agents 1->2->3；输出详细 outline + evidence map。`revision`：触发 “Revise paper”；Agents 8->5->6；输出 patch document + deterministically applied revised draft + apply report（#390；revision log 通过 `templates/revision_tracking_template.md`）。`abstract-only`：触发 “Write abstract”；Agents 1->7；输出 bilingual abstract + keywords。`lit-review`：触发 “Literature review”；Agents 1->2；输出 annotated bibliography + synthesis。`format-convert`：触发 “Convert to LaTeX” / “Convert citations to [format]”；Agent 9 only；输出 formatted document；包含 APA 7 / Chicago / MLA / IEEE / Vancouver 引用格式转换。`citation-check`：触发 “Check citations”；Agent 6 only；输出 citation error report。`plan`：触发 “guide my paper” / “help me plan my paper”；Agents 1->10->3->4；输出 Chapter Plan + INSIGHT Collection。`revision-coach`：触发 “parse reviews” / “revision roadmap” / “I got reviewer comments” / “should we push back” / “conference rebuttal” / “grant panel response” / 明确识别的真实委员会 correspondence；Agent 12 only；Peer-review path 输出 immutable Roadmap core + explicit author sidecar + optional Tracking Template/Response Skeleton；Committee path 输出 separate #668 concern tracker + placeholder response skeleton，不用 Schema 11、reviewer obligation/severity 或 determination。`disclosure`（v3.2）：触发 “AI disclosure for Nature” / “generate AI usage statement”；Agent 9 only；默认 venue path 输出 `REQUIRED` / `ACTION_ONLY` / `NOT_REQUIRED` / `UNKNOWN` applicability 加 typed halt status；policy-anchor path 输出 anchor-specific render。`rebuttal-audit`：触发 “audit my response” / “check my rebuttal” / “did I miss any reviewer comment”（要求同时有 reviewer comments 和 existing rebuttal draft）；Agent 12 only（parse-only）；输出 Rebuttal QA report：per-comment coverage + gaps + risk flags；不生成新 response；advisory only；不发出 Schema 11 / Material Passport / verified status。
58. Disclosure dispatch contract：当 mode=`disclosure`，agent 9 走 standalone branch，必须在产出文本前加载 `references/disclosure_mode_protocol.md`。它不运行普通 Phase 7 formatting，也不替换为 generic full-pipeline AI statement；协议选择 venue database 或 policy-anchor path，并拥有所有 halt/render decisions。
59. Quick Mode Selection Guide：从零开始且 RQ 清晰 -> `full` -> balanced。写作前需要规划帮助 -> `plan` -> originality。只需要 outline -> `outline-only` -> balanced。已有草稿并收到评审反馈 -> `revision` -> fidelity。有非结构化审稿意见 -> `revision-coach` -> balanced。有来自真实委员会/institutional review office 的意见需要跟踪 -> `revision-coach` committee-correspondence variant -> fidelity。只需要 abstract -> `abstract-only` -> fidelity。需要检查/修复 citations -> `citation-check` -> fidelity。需要转换格式（LaTeX、DOCX）或 citation style -> `format-convert` -> fidelity。想要 systematic literature review paper -> `lit-review` -> fidelity。需要 venue-specific AI-usage disclosure bundle 用于提交 -> `disclosure` -> fidelity。有写好的 rebuttal draft 需要针对 reviewer comments 做 QA -> `rebuttal-audit` -> fidelity。不确定 -> 从 `plan` 开始；`disclosure` 是 finishing step，在论文起草后、面向计划投稿 venue 运行。
60. Spectrum v3.2：fidelity = template-heavy、可预测输出；balanced = default；originality = exploratory、template-light。参见 shared/mode_spectrum.md 的 full cross-skill spectrum table。
61. Committee-correspondence routing：只在用户明确识别真实 committee/institutional review office 时使用 `revision-coach` variant。加载 `references/committee_correspondence_protocol.md`；不要从语气推断 official authority。该 separate artifact 是 source-accounted drafting aid，绝不进入 peer-review Schema 11。
62. Mode Selection Logic：参见 `references/mode_selection_guide.md` 获取 trigger-to-mode mappings 和 full selection flowchart。
63. Citation-Check Mode：审计前加载 `agents/citation_compliance_agent.md`。对于 APA 7 with Chinese citations，还要读 `references/apa7_chinese_citation_guide.md`；使用其 locale-specific abbreviation and ordering checks，而不是把 Latin-script alphabetical checklist 套到中文姓名上。保留 supplied venue overrides 和 guide 的 disambiguation exceptions。
64. Rebuttal-Audit Mode：评估作者已有的 rebuttal / response-to-reviewers draft 的 coverage、tone、evidence。它是 advisory QA，不写也不重写 response。
65. Rebuttal-Audit input gate：只有用户同时提供 (a) reviewer comments / decision letter 和 (b) existing rebuttal/response draft 时才激活 `rebuttal-audit`。若只有 (a)（还没有 draft），route 到 `revision-coach`（它生成 response skeleton）。若 intent ambiguous，先澄清而不是猜。
66. Rebuttal-Audit 产出：per-comment coverage table，把每个 reviewer concern 标为 `addressed` / `partially` / `missing`；gap list，列出 draft 未回答的 concerns；risk flags，如 tone 太 combative、claims 无 evidence、response 误读 reviewer 真正 point；improvement suggestions（advisory）。
67. Rebuttal-Audit IRON RULE integrity boundary（no false certification）：它复用 `revision_coach_agent` 的 comment-parsing capability，但 standalone invocation 在 pipeline 外运行，因此从不通过 Stage 4.5 final integrity。它 MUST NOT 发出 Schema 11 `commitment_extracted` ledger，MUST NOT 写 Material Passport，MUST NOT 标记 package `ready_to_submit` 或任何 verified status。输出只是 advisory QA report。
68. Rebuttal-Audit boundary vs `re-review`：`academic-paper-reviewer` 的 `re-review` mode 验证 revised manuscript（作者声称的修改是否真的出现在论文中）并在 pipeline 内运行；`rebuttal-audit` 验证 response letter 本身（rebuttal 是否覆盖每条 comment、tone/evidence 是否合理）并 standalone 运行、advisory。不同 artifacts，不同 layers。
69. Revision Mode Patch Protocol #390：在 revision mode，`draft_writer_agent` 不重新发出完整论文。该轮运行 anchorize -> patch -> deterministic apply -> finalizer，把 regeneration surface 限制在 revision 明确触及的 blocks（DELEGATE-52 blast-radius containment；spec `docs/design/2026-06-10-390-diff-patch-revision-mode-spec.md`）。
70. 步骤 1 Anchorize the draft：运行 `scripts/ars_anchorize_draft.py`（idempotent、content-neutral）；每个 block 获得稳定 `<!--block:BNNNN-->` marker 和 exact manifest。在 apply 前没有任何东西重写 draft。
71. 步骤 2 Bind explicit authority (#670)：验证 immutable `revision-roadmap/1.0`、exact registered claim surfaces、complete `author-adjudication/1.0`。Roadmap 保持 severity、obligation、cost scope、bounded consequence 独立；author triage 和 exact targets 只存在于单独 explicit sidecar。
72. 步骤 3 Writer 发出 current patch 1.1（`shared/contracts/patch/revision_patch.schema.json`）作为 sidecar：每个 op 只引用 `will_address` items，停留在 exact target/operation scopes 内，并明确声明 claim/collateral arrays。Registered claim movement 需要 exact author-approved replacement；declined overlap 需要 exact collateral authority。
73. 步骤 4 Deterministic apply：运行 `scripts/ars_apply_revision_patch.py`，在 structural analysis 或 write 之前 replay 每个 binding。Current report format 1.3 携带 mechanically derived authorization witness 和诚实的 `unregistered_claim_drift_review_required` E6 boundary。若 E6 之后检测到 unregistered surface 上的 drift，checkpoint 没有 default-open route：作者必须明确选择 `restore`、`authorize_with_reason` 或 `pause`。Build 和 replay validation 把每个选择绑定到一个明确命名的 run-local raw session-event artifact；sidecar 保留 recomputed digest，但不保留 path 或 message。Untouched blocks 保持 byte-identical。
74. 步骤 5 Continuous evidence：每次 review write、all-declined no-op、integrity-correction round 都进入 `revision-evidence-bundle/1.0`，从 exact integrity-PASS draft 到 exact final draft。Scope escalation 需要新的 explicit sidecar 或更窄的 patch；legacy full re-emission 不能声称 current authorization PASS。
75. Orchestrated runs 遵循 `pipeline_orchestrator_agent.md` § Revision-Round Patch Sequencing；Mode B 用户手动运行相同 scripts——精确命令在 `references/revision_patch_protocol.md`。诚实边界：registered surfaces 和 exact edit authority 是 machine-replayed，但 unregistered semantic drift 仍需要 E6 review。`scripts/claim_strength_drift_disposition.py` 只关闭 reported rows 的 explicit handling；它不使 model-mediated detection 变得 deterministic 或 complete。`academic-paper full` in-pair Phase 6→4 loop 在此 standalone/pipeline revision contract 之外。
76. Plan Mode：Chapter-by-chapter guided planning。Socratic mode 一次一章引导用户规划论文。通过结构化对话构建完整 Paper Blueprint。参见 `references/plan_mode_protocol.md`。
77. Handoff Protocol deep-research -> academic-paper：`intake_agent` 自动检测 deep-research materials（RQ Brief / Bibliography / Synthesis / INSIGHT Collection）并跳过冗余步骤。它还要求精确的 builder-produced `preregistration-artifact/1.0` handoff receipt，以及（若提供）其明确命名的 companion。Intake 验证并原样携带那些 bytes；不推断 status、不 repair/rebuild sidecar、不 follow display path、不 substitute planning template。之后用户明确补充的材料必须由 named deterministic builder 的新 sidecar 表示。参见 `deep-research/SKILL.md` Handoff Protocol 和 `shared/references/cross_document_consistency_advisory_protocol.md`。
78. Failure Paths：参见 `references/failure_paths.md`。快速处理：Insufficient research foundation -> 建议先运行 `deep-research`。Wrong paper structure selected -> 回到 Phase 2，建议替代结构。Word count 显著 over/under target -> 识别问题章节，建议 trimming/expansion。Citation format 完全错误 -> 重新运行整个 citation phase。Peer review rejection -> 分析 rejection reasons，建议 major revision 或 restructuring。Plan mode 不收敛 -> 建议切换到 outline-only mode。Incomplete handoff materials -> 列出缺失项，建议补充或重新运行。User 中途放弃 -> 保存已完成 Chapter Plan。
79. Full Academic Pipeline：参见 `academic-pipeline/SKILL.md`。
80. Phase 0 Configuration Interview：参见 `agents/intake_agent.md` 获取完整字段定义。访谈覆盖 9 个核心项：paper type、discipline、target journal、citation format、output format、language、abstract、word count、existing materials —— 外加 co-authors、funding、optional style calibration、domain evidence profile（Step 12）、citation-verification level（Step 13，#392）、independent retraction policy（Step 14，#651）。
81. Both citation policies 默认 mark-only，并需 explicit strict opt-in，分别 seed `terminal_policies.citation_existence` 和 `terminal_policies.retraction`。
82. 当作者确认 venue/track/type target，Phase 0 还解析 #683 `ReviewTargetContext` 并在任何 criteria-aware consumer 运行前初始化 #684 pointer-only binding manifest；缺失时使用 explicit field-general `criteria_binding_unavailable` path。输出 Paper Configuration Record，等待用户确认。
83. File Structure：Agent definitions 在 `agents/{agent_name}.md` —— 每个 agent 一个文件（共 12 个，与 Agent Team 表一致）。
84. References（`references/` 下 28 个文件）：Citation：`apa7_extended_guide`、`apa7_chinese_citation_guide`、`citation_format_switcher`。Writing：`academic_writing_style`、`writing_quality_check`、`writing_judgment_framework`。Structure：`paper_structure_patterns`（6 types）、`abstract_writing_guide`、`intro_title_rhetoric_guide`（CARS moves + title checklist）。Domain：`hei_domain_glossary`（bilingual）、`journal_submission_guide`、`latex_template_reference`、`domain_evidence_profiles`（advisory screening profiles）。Process：`failure_paths`（12 scenarios）、`mode_selection_guide`（11 modes）、`plan_mode_protocol`、`workflow_phase_details`、`revision_patch_protocol`（#390 Mode B commands + marker lifecycle）。Ethics：`credit_authorship_guide`（CRediT 14 roles）、`funding_statement_guide`、`statistical_visualization_standards`。Disclosure（v3.2）：`disclosure_mode_protocol`（默认 venue applicability/status bundle：`REQUIRED`、`ACTION_ONLY`、`NOT_REQUIRED`、`UNKNOWN`，加 typed halts；separate policy-anchor rendering）、`venue_disclosure_policies`（v2 database：ICLR、NeurIPS、Nature、Science、ACL、EMNLP，加 medical-publishing policy targets——ICMJE、NEJM、The Lancet、JAMA、BMJ、PLOS、Frontiers、publisher-wide Chinese Nursing Journals Publishing House 中华护理杂志社、journal-level International Eye Science 国际眼科杂志）。Integrity（v3.3）：`anti_leakage_protocol`（knowledge isolation）、`vlm_figure_verification`（optional VLM figure check）。Policy anchors（#108）：`policy_anchor_table`、`policy_anchor_disclosure_protocol`。Meta：`changelog`（version history）。Also：`deep-research/references/apa7_style_guide.md`（base reference，extended here）。
85. Templates（`templates/` 下 11 个文件）：`imrad`、`literature_review`、`case_study`、`theoretical_paper`、`policy_brief`、`conference_paper`、`latex_article_template.tex`、`bilingual_abstract`、`credit_statement`、`funding_statement`、`revision_tracking`（4 status types）。
86. Examples（`examples/` 下 9 个文件）：`imrad_hei_example`、`literature_review_example`、`plan_mode_guided_writing`、`chinese_paper_example`、`revision_mode_example`、`revision_recovery_example`、`clinical_citation_verification_checklist`、`clinical_epistemic_status_example`、`version_family_reconciliation_example`。
87. Anti-Patterns 1：Vague default vocabulary（如 “delve into”、“crucial”、“it is important to note”）通常不如学科自身术语精确 -> 使用 discipline-specific vocabulary；参见 `references/writing_quality_check.md`（诊断，不是禁令）。
88. Anti-Patterns 2：Em dashes that interrupt the argument -> 当 parentheses、commas 或重组句子读起来更好时，使用它们。
89. Anti-Patterns 3：Throat-clearing openers（如 “In this section, we will discuss...”）不增加信息 -> 直接以 claim 或 finding 开头。
90. Anti-Patterns 4：Padded or overloaded paragraphs -> 给每个段落它论点所需的空间；不要为了满足 template 而 padding、split 或 vary length。
91. Anti-Patterns 5 IRON RULE：Fabricated citations -> 每条 citation 必须通过 DOI 或 WebSearch 验证；参见 `academic-pipeline/agents/integrity_verification_agent.md`。
92. Anti-Patterns 6：Sycophantic revision -> 当 reviewer 错时使用 `REVIEWER_DISAGREE` status；用 evidence 论证。
93. Anti-Patterns 7：Scope creep during revision -> revision 只处理 reviewer concerns；新内容需要 explicit user approval。
94. Anti-Patterns 8：Ignoring failure paths -> 检查 `references/failure_paths.md`；触发时调用 F11 Desk-Reject Recovery。
95. Quality Standards Writing Quality 1：每条 claim 必须有 citation 或由论文自身数据支持；对于 #548 absence/novelty claims，要携带 documented-search provenance 加 named nearest prior work（若有）；否则 explicit absence-of-adjacent-work statement 足够（没有 source 能 cite 一个 absence）。
96. Quality Standards Writing Quality 2：Zero citation orphans —— in-text citations 与 reference list 必须完美匹配。
97. Quality Standards Writing Quality 3：Consistent register —— 适合学科的学术 tone。
98. Quality Standards Writing Quality 4：Logical flow —— 段落和章节之间 clear transitions。
99. Quality Standards Writing Quality 5：Word count compliance —— target 的 +/-10% 以内。
100. Bilingual Abstract Quality 6：Independent writing —— run 声明的 pair（默认 zh-TW 和 EN）的两篇 abstract 独立撰写，不是机械翻译。
101. Bilingual Abstract Quality 7：Structural alignment —— 两篇 abstract 以相同顺序覆盖相同 key points。
102. Bilingual Abstract Quality 8：Keywords —— 每种语言的关键词数量按 `references/abstract_writing_guide.md` 的 regime table，反映论文核心概念。
103. Bilingual Abstract Quality 9：Word count —— 按 `references/abstract_writing_guide.md` 的 regime table 中 run 声明的 pair 和 paper type（此处不重列数字）。
104. Citation Quality 10：Format compliance —— 100% 遵守所选 citation style。
105. Citation Quality 11 IRON RULE：DOI inclusion —— 每个有 DOI 的 source 必须包含 DOI；每条 citation 必须通过 DOI 或 WebSearch 验证。
106. Citation Quality 12：Currency —— flag 超过 10 年的 sources（除非 seminal works）。
107. Citation Quality 13：Self-citation ratio —— 若 >15% 则 flag。
108. Peer Review 14：Five criterion-bound dimensions —— Originality、Methodological Rigor、Evidence Sufficiency、Argument Coherence、Writing Quality；报告 categorical judgements 加 evidence，不做 numerical aggregation。
109. Peer Review 15：Actionable feedback —— 每条 criticism 必须包含具体 suggestion。
110. Peer Review 16：Max 2 revision rounds —— 未解决项成为 Acknowledged Limitations。
111. Mandatory Inclusions IRON RULE：每篇论文 MUST include Data Availability Statement、Ethics Declaration、Author Contributions (CRediT)、Conflict of Interest Statement、Funding Acknowledgment。
112. Mandatory Inclusions 17：AI-use reporting —— 普通 `full` / `format-convert` flows 包含 existing generic AI tool-usage statement；standalone `disclosure` mode 则遵循所选 venue applicability/status 或 policy-anchor rendering contract。
113. Mandatory Inclusions 18：Limitations section —— 明确讨论 study limitations。
114. Mandatory Inclusions 19：Ethics statement —— 适用时（human subjects、sensitive data）包含。
115. Output Language：遵循用户语言。学术术语保留英文。Bilingual abstract 遵循声明的 `output_language_pair`，不多不少。Pair 选择两篇 abstract 的语言；它不是 body-language setting，也不是 abstract-cardinality setting（Bilingual / EN-only / zh-TW-only 是单独 intake answer）。默认 `zh-tw-en` 是 Traditional Chinese (L1) + English (L2)——pre-#862 pair，所以省略该字段的 run 复现 legacy object keys 和 legacy heading literals，并省略 serialized key。Registry 和 language roles：`shared/output_language_pair.md`。Abstract length 和 keyword counts：`references/abstract_writing_guide.md` 的 regime table。
116. Integration with Other Skills：`academic-paper + tw-hei-intelligence` -> Evidence-based HEI paper with real MOE data；`academic-paper + deep-research` -> Deep research phase -> paper writing phase（auto-handoff）；`academic-paper + report-to-website` -> Interactive web version of the paper；`academic-paper + notebooklm-slides-generator` -> Presentation slides from paper；`academic-paper + academic-paper-reviewer` -> Peer review -> revision loop。
117. Model Tiering (#517, optional)：当设置 `ARS_MODEL_TIERING`，dispatching session 按 `shared/model_tiering.md` 路由 agents（canonical：full 39-agent judgment/execution table + rules）。Compact rule：Unset（默认）：每个 agent 继承 session model —— byte-equivalent pre-#517 behavior。`economy`（frontier-tier session）：execution-type agents dispatch ONE tier below session model —— floor Opus-class，绝不更低；judgment-type agents 留在 session model。At or below floor 时 no-op（announce once）。`quality-boost`（below-frontier session）：judgment-type agents 在 checkpoint surfaces（Stage 2.5/4.5 gates；opt-in Stage 4→5 claim–ref audit；final review）jump UP 到 frontier tier（不管差几 tiers——不是 single increment）；nothing is downgraded。At frontier 时 no-op（announce once）。Unknown values -> warn once，behave as unset。Tiers 是 relative positions，绝不 hard-pinned model ids。当 direction active 时，把 repeated same-stage calls 路由到 SAME worker，以便 prompt cache accumulates；unset 意味着 dispatch shapes 也保持 byte-equivalent。
118. Version Info：Skill Version 3.3.1；Last Updated 2026-08-15；Maintainer Cheng-I Wu；Dependent Skills deep-research v1.0+（upstream）、academic-paper-reviewer v1.0+（downstream）。
119. Version History：参见 `references/changelog.md`。

适用边界 · 注意事项

• 深度研究/事实核查（非论文写作）应使用 `deep-research`，不要套用本论文写作流水线。
• 结构化评审已有论文应使用 `academic-paper-reviewer`，完整研究到论文流水线应使用 `academic-pipeline`。
• 只有审稿意见、没有现有 rebuttal 草稿时不要用 `rebuttal-audit`；应走 `revision-coach` 生成回复骨架。