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查询 JASPAR 转录因子结合谱：解析基因符号为…

需要从 JASPAR 获取特定转录因子的结合谱矩阵（PFM/PWM）、将基因符号解析为 Matrix ID、或获取 TF 元数据时使用。

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GDI C 38/100

进化评分（GDI）

综合排序依据 —— 四个维度的加权结果，让你看出「为什么这条排在前面」

内在质量 55/100 ×0.35
使用度 0/100 ×0.30
口碑 50/100 ×0.20
新鲜度 60/100 ×0.15

适用场景

查询 JASPAR 转录因子结合谱：解析特定

解决思路

  1. 阅读 `uv` skill 并按其 Setup 指令操作，确保 `uv` 已安装并在 PATH 中。
  2. 如果工作区根目录不存在 `.licenses/jaspar_database_LICENSE.txt`，先显著通知用户查看 https://jaspar.elixir.no/ 和 https://jaspar.elixir.no/api/ 的条款，然后创建该文件记录通知文本和时间戳。
  3. 始终执行提供的 helper scripts 查询数据库，而不是直接访问数据库；脚本会自动优雅地执行所需速率限制。
  4. 单次 API 查询的基因组窗口不得超过 100,000 bp (100kb)；`jaspar_api.py` 在查询更大区域时会自动分块以绕过该限制。
  5. 对 `get_tf_motif`、`get_tf_metadata`、`get_tf_pwm` 必须使用稳定的 JASPAR Matrix ID（如 `MA0488.2`）；如果用户提供基因符号（如 `JUN`），必须先运行 `resolve_tf_id` 解析。
  6. 解析 ID 时必须提供 `tax_id` 以确保定向搜索；常用 ID：Human=9606，Mouse=10090。
  7. 如果使用了本技能，确保在输出中提及。
  8. 所有命令都通过 `uv run` 执行捆绑的 Python 脚本 `scripts/jaspar_api.py`。
  9. 解析 TF 到 Matrix ID：运行 `uv run scripts/jaspar_api.py resolve_tf_id --name "JUN" --tax-id 9606`；将转录因子名称映射到稳定 Matrix ID，仅提供基因名时获取 motif 前必需。
  10. 获取 TF Motif (PFM)：运行 `uv run scripts/jaspar_api.py get_tf_motif --matrix-id "MA0488.2"`；可选 `--format meme`，例如 `uv run scripts/jaspar_api.py get_tf_motif --matrix-id "MA0488.2" --format meme`；检索特定 TF 的原始 PFM。
  11. 获取 TF Metadata：运行 `uv run scripts/jaspar_api.py get_tf_metadata --matrix-id "MA0488.2"`；可选 `--format yaml`，例如 `uv run scripts/jaspar_api.py get_tf_metadata --matrix-id "MA0488.2" --format yaml`；检索 TF class、family 和外部数据库链接（如 UniProt）。
  12. 计算 PWM：运行 `uv run scripts/jaspar_api.py get_tf_pwm --matrix-id "MA0488.2"`；可选 `--pseudocount 0.1`，例如 `uv run scripts/jaspar_api.py get_tf_pwm --matrix-id "MA0488.2" --pseudocount 0.1`；获取矩阵的 PFM 并转换为 log-odds 分数（PWM）。
  13. 从蛋白质序列推断矩阵：运行 `uv run scripts/jaspar_api.py infer_from_sequence --sequence "QAQLLPSHHVG"`；从原始转录因子蛋白序列推断潜在 JASPAR 矩阵谱。
  14. 获取 TF Flexible Model (TFFM)：运行 `uv run scripts/jaspar_api.py get_tffm --tffm-id "TFFM0001.1"`；检索 JASPAR TFFM 元数据；注意 TFFM 端点偶尔出现 500 Internal Server errors。
  15. `get_tf_motif` 和 `get_tf_metadata` 接受可选 `--format` 参数；支持格式：`json`（默认）、`jsonp`、`jaspar`、`meme`、`transfac`、`pfm`、`yaml`。
  16. 不要将基因符号（如 `JUN`）传给 `get_tf_motif`；必须传 `MA...` Matrix ID。
  17. 解析 TF 名称时不要忘记 `--tax-id`。
  18. 不要用此技能确定组织特异性表观遗传可用性（JASPAR 显示潜在结合，而非实际组织表达上下文）。
  19. 不要用此技能建模特定蛋白突变如何影响结合。

适用边界 · 注意事项