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需要端到端完成学术论文并保证可审计质量时…

当要从研究探索一路做到论文终稿，并需要强制完整性检查、两阶段同行评审、多轮修订和可审计过程记录时使用。

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GDI C 38/100

进化评分（GDI）

综合排序依据 —— 四个维度的加权结果，让你看出「为什么这条排在前面」

内在质量 55/100 ×0.35
使用度 0/100 ×0.30
口碑 50/100 ×0.20
新鲜度 60/100 ×0.15

适用场景

需要端到端完成学术论文并保证可审计质量时特定

解决思路

  1. 检测用户输入，判断已有材料（无材料、研究数据、论文草稿、已验证论文、评审意见、修订稿、待格式化终稿）与目标，确定入口阶段并与用户确认。
  2. 根据入口和用户偏好推荐各阶段模式：新手/需引导用 socratic + plan + guided；有经验/要直接输出用 full + full + full；时间有限用 quick + full + quick。
  3. 按10阶段执行：Stage 1 RESEARCH -> Stage 2 WRITE -> Stage 2.5 INTEGRITY -> Stage 3 REVIEW -> Stage 4 REVISE -> Stage 3' RE-REVIEW -> Stage 4' RE-REVISE -> Stage 4.5 FINAL INTEGRITY -> Stage 5 FINALIZE -> Stage 6 PROCESS SUMMARY。
  4. Stage 1 派发 deep-research，可用 socratic/full/quick 模式，产出 RQ Brief、Methodology、Bibliography、Synthesis。
  5. Stage 2 派发 academic-paper，可用 plan/full 模式，产出 Paper Draft。
  6. Stage 2.5 派发 integrity_verification_agent，pre-review 模式，产出 Integrity verification report + corrected paper。
  7. Stage 3 派发 academic-paper-reviewer，full 模式（含 Devil's Advocate），产出 5 份评审报告 + Editorial Decision + Revision Roadmap。
  8. Stage 4 派发 academic-paper，revision 模式，产出 Revised Draft、Response to Reviewers。
  9. Stage 3' 派发 academic-paper-reviewer，re-review 模式，产出 Verification review report：revision response checklist + residual issues。
  10. Stage 4' 派发 academic-paper，revision 模式，产出 Second revised draft（如需要）。
  11. Stage 4.5 派发 integrity_verification_agent，final-check 模式，产出 Final verification report（声明检查须 PASS；注册分母和 unknown/out-of-scope 状态保持可见）。
  12. Stage 5 派发 academic-paper，format-convert 模式，默认 MD；Pandoc 可用时转 DOCX，否则给转换说明；询问 LaTeX；确认正确性；编译 PDF。
  13. Stage 6 由 orchestrator 自动执行，产出 Paper creation process record MD + LaTeX 转 PDF（双语）。
  14. 在 Stage 2 中，可在 outline 完成后并行执行 academic-paper 的 Phase 1（literature_strategist_agent）和 visualization_agent；具体为：outline 含可视化计划后 visualization_agent 开始图生成，同时 argument_builder_agent 构建 CER 链，draft_writer_agent 等两者完成再开始 Phase 4；顺序执行仍是默认。
  15. 按状态机推进：Stage 1 -> 用户确认 -> Stage 2；Stage 2 -> 用户确认 -> Stage 2.5；Stage 2.5 PASS -> Stage 3（FAIL -> 修复并重验，最多3轮；之后进入 Integrity Check FAIL Loop -> 记录用户决定）；Stage 3 Accept -> Stage 4.5 / Minor|Major -> Stage 4 / Reject -> Stage 2 或结束；Stage 4 -> 用户确认 -> Stage 3'；Stage 3' Accept|Minor -> Stage 4.5 / Major -> Stage 4'；Stage 4' -> 用户确认 -> Stage 4.5（不再返回评审）；Stage 4.5 PASS（零问题）-> Stage 5（FAIL -> 修复重验；3轮未解决后记录用户决定）；Stage 5 流程完成后 FULL 检查点 -> Stage 6（用户可拒绝 Stage 6，标记 skipped，直接 completed）；Stage 6 询问语言版本 -> 生成 process record MD -> LaTeX -> PDF -> 终端确认。
  16. 在每个阶段完成后主动提示用户并等待确认（IRON RULE），不能自动跳过 MANDATORY 检查点。
  17. 使用自适应检查点类型：FULL（首次、完整性边界后、Stage 5 完成）、SLIM（非关键阶段连续2+次 continue 后）、MANDATORY（完整性 FAIL、评审决定、Stage 5 入口门）。FULL 显示完整交付物列表 + decision dashboard + 所有选项。
  18. Decision Dashboard 包含 metrics：Word count、References、Coverage、Criterion status；Deliverables；Flagged；以及选项：查看进度（说 status）、调整设置、暂停 pipeline。
  19. 应用自适应规则：首次检查点总是 FULL；连续2+次 continue 后提示用户是否检查进度；完整性边界（Stage 2.5、4.5）总是 MANDATORY；评审决定（Stage 3、3'）总是 MANDATORY；finalization 前（Stage 5 入口门）总是 MANDATORY；其他阶段从 FULL 开始，用户说 just continue 后降为 SLIM；连续4+次 continue 后插入 FULL。
  20. 每次 FULL 检查点前自问：citation integrity 是否有未验证引用；sycophantic concession 是否无反驳接受所有反馈；criterion trajectory 各标准是否改善/不变/回退/不可比较；scope discipline 是否添加未请求内容；completeness 是否所有交付物齐全；若任何担忧，在检查点展示。
  21. 维护5个 agent：pipeline_orchestrator_agent（主编排）、state_tracker_agent（状态追踪）、integrity_verification_agent（完整性检查）、collaboration_depth_agent（观察者，仅建议不阻塞）、claim_ref_alignment_audit_agent（可选 claim 忠实度审计）。
  22. 按 Orchestrator Workflow 操作：Step 1 INTAKE & DETECTION 分析材料与目标；Step 2 MODE RECOMMENDATION 推荐模式并解释差异；Step 3 STAGE EXECUTION 通知用户、加载对应 skill 的 SKILL.md、启动 skill、监控完成、编译交付物、更新状态、强制检查点；Step 4 TRANSITION 传递交付物、触发 handoff protocol、开始下一阶段。
  23. 每次阶段转换注入 Mid-Conversation Reinforcement Protocol 模板：列出下一阶段最相关的 IRON RULE、要避免的 Anti-Pattern、质量检查（Stage N 输出是否至少不差于 Stage N-1，否则 PAUSE）、Checkpoint 类型与需确认内容。
  24. 按 Phase-by-phase Invocation Contract 运行：默认 Mode A orchestrator-driven 端到端；Mode B 跨会话恢复用 ARS_PASSPORT_RESET=1 + resume_from_passport=<hash>，单阶段 agent 严格在阶段内写，pipeline 的5个 agent 跨阶段/meta；路由进 Mode B 需显式信号 /ars-<mode> 或 [direct-mode]；模糊跨阶段默认先澄清。
  25. 可选开启 Inquiry Branch Ledger：设置 ARS_INQUIRY_LEDGER=1 启用 inquiry-branch-ledger/1.0；运行时 scripts/inquiry_branch_ledger.py 负责验证、重放、追加、profile-budget 检查、指针绑定、崩溃恢复；仅在 Stage 1 design-freeze、Stage 2.5/4.5 MANDATORY 检查点或 reopen-condition 信号后渲染紧凑摘要；摘要提供 skip、off、reset-to-simple-path；不改变完整性判定或检查点要求。
  26. 运行 Integrity Review Protocol：Stage 2.5 和 4.5 执行5阶段：references -> citation context -> statistical data -> originality -> claims。
  27. Stage 4.5 必须在 Stage 5 前达到 PASS 或记录用户对未解决项的明确决定；未解决项不能静默丢弃；Stage 4.5 从头重新执行，不依赖 Stage 2.5 结论。
  28. Stage 2.5 和 4.5 都运行 AI Research Failure Mode Checklist（7种模式：implementation bugs、hallucinated results、shortcut reliance、bug-as-insight、methodology fabrication、pipeline-level frame-lock 等）；任一 SUSPECTED 或 Modes 1/3/5/6 INSUFFICIENT EVIDENCE 则阻塞，用户必须确认/附理由覆盖/修改；Stage 6 报告审计日志。
  29. 运行 compliance_agent 做 mode-aware PRISMA-trAIce + RAISE 合规检查，按 tier 阻塞。
  30. Stage 4.5 PASS 后、Stage 5 格式化前运行 #660 tortured-phrase advisory：用显式用户提供或合成 fixture 快照和 detached manifest 绑定原始快照 SHA-256；省略则输出 not_checked；结果 HEURISTIC-ADVISORY / UNMEASURED，不改 PASS/gate，不重写文本；只在修订后重新进入完整性/screen 后重新运行。
  31. 对文献语料，非原地 producer 为每个 cited_title 和 cited_abstract 输出一行 v1.2 advisory；缺失 abstract 保持 not_checked/unresolved 和 ABSTRACT_MISSING；下游只读，组合到现有 Bibliographic Integrity Advisories 章节；不生成标记、策略、gate、finalizer 提升、排名、引用重写或替换文本。
  32. 运行 #672 cross-document consistency advisory：Stage-1 shell-capable dispatcher 调用 scripts/build_cross_document_consistency_advisory.py build-preregistration-artifact；非 shell research architect 仅提供 caller declaration 和 named companion handle；结果 sidecar 和 companion 逐字节传递，缺失/替换/模板替换/摘要修复均无效。
  33. 在 Stage 4.5 PASS 后，Stage 5 入口检查点先运行 #660 再 #672，两者绑定同一 accepted draft，artifact_id/artifact_sha256 必须相等；两者独立失败语义；#672 失败写 ADVISORY_UNAVAILABLE:<CODE>；#672 无 score/pass/fail/gate；修订使两者失效并需重跑。
  34. 运行 Two-Stage Review Protocol：Stage 3 full review（5 reviewers）-> Revision Coaching -> Stage 4 -> Stage 3' re-review -> optional Residual Coaching -> Stage 4'。
  35. Stage 3' 默认按 #576 三闸门合同：orchestrator 发 hash-bound input manifest，派发 Phase 1 criteria commitment（revision-blind）-> Phase 2A evidence verdict（persuasion-blind）-> Phase 2B claim matching（letter revealed），并强制调用 scripts/check_re_review_synthesis.py 后才出决定：Accept / Minor / Major、user_review_required 延迟或 fail-closed abort（永不 Reject）；sidecar 冻结 previously_missed/indeterminate 新问题记录转到 Stage 4.5；旧单遍 re-review 需 ARS_RE_REVIEW_LEGACY=1 并标记 [LEGACY-NO-CONTRACT]。
  36. 支持 Mid-Entry Protocol：检测材料、识别缺口、建议回填、直接进入指定阶段；mid-entry 不能跳过 Stage 2.5，除非提供之前完整性验证报告且内容未修改。
  37. 运行 External Review Protocol：按4步处理外部人类评审反馈：Intake & Structuring -> Strategic Revision Coaching -> Revision & Response -> Self-Verification。
  38. 在 FULL 检查点显示 Progress Dashboard（ASCII）。
  39. 管理 Revision Loop：Stage 3 -> 4 -> 3' -> 4' -> 4.5；最多1轮 RE-REVISE（Stage 4'）；pipeline 覆盖 academic-paper 的 max 2 revision 规则，限制为 Stage 4 + Stage 4' 各一轮；未解决问题标记为 Acknowledged Limitations；提供累积修订历史。
  40. 应用 Early-Stopping Criterion：每轮修订结束，仅当无 P0、无未解决决策相关回归、无适用标准实质状态变化需再修订、作者无未完成必需动作时建议停止；解释依据；用户可覆盖；硬上限2个完整修订循环（Stage 4 + Stage 4'）。
  41. 执行 Budget Transparency：pipeline 开始时估算 token 成本并确认；同时展示 interaction-count budget，列举 round-trip caps（2 full revision loops、8+5 Socratic coaching rounds、Stages 2.5/4.5 integrity gate fix->re-verify loop），说明 worst-case round-trip total；每个阶段检查点报告累积 round-trip count；仅建议不阻塞。
  42. 运行 Cross-run Adjudication Activity (#673)：state tracker 的 Adjudication-activity metadata 是唯一 producer/state authority；每个 run 有稳定显式 run_id；结构化 handler 先应用既有作者选择/合规覆盖/显式请求/MANDATORY 路由/状态效果，再 best-effort 追加 data-minimized binding 到 pending_adjudication_activity_bindings[]；被拒绝的 MANDATORY skip 在可选 receipt 存 skip_refused 前保持状态不变；终端行为先运行；完成后仅对用户选择的本地存储，传递显式 state/artifact-root paths 和 pending 5 rows 给 seal_terminal_inventory(state_path, artifact_root, pending_bindings)，然后 best-effort 运行 sealed-inventory build-input、idempotent append-run、optional render；helper 计算 hashes；activity 数据永不进入 Material Passport、handoff、Process Record、reviewer/model/observer/compliance input、gate、verdict、checkpoint input 或 stage transition；无 live model/judge/eval/network/API/ambient clock/directory scan/glob。
  43. 遵守 Auditability and replay boundaries：pipeline artifacts 版本化、哈希、可审计；确定性验证器可对相同字节和配置重放；LLM 生成文案和语义判断随机，不保证字节级可复现；记录 model/configuration 和 evidence。
  44. 运行 Stage 6 Process Summary Protocol：生成最终过程记录：论文创作旅程、协作质量评估（6维度，1-100）、AI 自反思报告；Stage 6 非强制，用户可在 Stage 5 完成检查点拒绝；拒绝则标记 skipped，pipeline 仍 completed；运行时过程记录交付后提示终端确认 finish/end/done/confirm 或自然语言；确认后 Stage 6 completed，全局 completed；变更请求保持 in_progress 不是确认。
  45. 调用 Collaboration Depth Observer：每个 FULL/SLIM 检查点和 Stage 6 记录编译期间（whole-pipeline pass 在 Process Record 生成交付前）读取对话范围，按 shared/collaboration_depth_rubric.md 评分，输出 advisory block/chapter；维度为 Delegation Intensity、Cognitive Vigilance、Cognitive Reallocation、Zone Classification（Zone 1/2/3）；MANDATORY 检查点（Stage 2.5/4.5）不调用；该观察者永不阻塞，不改变 Flagged 行或 Ready to proceed? 提示；若 frontmatter 声称 blocking:true，拒绝派发；设置 ARS_CROSS_MODEL 时双模型运行并标记维度分歧 >2 分，不静默平均。
  46. 避免 Anti-Patterns：不跳过完整性检查；orchestrator 不做实质工作；不自动推进 MANDATORY 检查点；防止跨阶段质量下降，若 Stage N 输出质量 < Stage N-1 则 PAUSE 并重载核心原则；不静默丢弃 reviewer 关切，R&R 跟踪表必须记录每个关切及状态；Stage 4.5 不只重新验证已知问题，必须从头重跑；不抬高 Collaboration Quality 分数，每个分数引用具体证据；不绕过 Failure Mode Checklist，任何覆盖需记录用户理由供 Stage 6。
  47. 满足 Quality Standards：正确阶段检测、模式推荐、材料交接完整格式正确、状态实时更新、强制检查点、强制完整性检查、强制失败模式清单、不越界、不强迫用户、可审计工作流、收敛感知停止、预算透明。
  48. 按 Error Recovery 表处理各阶段错误：Intake 无法确定入口问用户；Stage 1 不收敛建议切换模式或缩小范围；Stage 2 缺研究基础建议回 Stage 1；Stage 2.5 3轮后仍 FAIL 列出不可验证项让用户决定；Stage 3 Reject 提供大改回 Stage 2 或放弃；Stage 4 修订不全列出未处理项询问是否继续；Stage 3' 仍有 major 进 Stage 4'；Stage 4' 仍残留标为 Acknowledged Limitations 并进 Stage 4.5；Stage 4.5 FAIL 修复重验最多3轮；用户中途离开保存状态可恢复；skill 执行失败报告错误并建议重试/暂停/切换模式，不跳过强制完整性或失败模式门禁。
  49. 可选设置 ARS_MODEL_TIERING 按 shared/model_tiering.md 路由：unset 默认继承会话模型；economy 对 execution-type agent 降一档（floor Opus-class，最低不更低），judgment-type 保持会话模型；quality-boost 对 checkpoint 表面的 judgment-type agent 升至 frontier 层，从不降级；未知值警告一次按 unset；同阶段重复调用路由同一 worker 以累积 prompt cache。
  50. Stage 5 format-convert 具体步骤：Step 1 使用 Stage 5 入口门记录的 citation-style 决定，若无则询问 APA 7.0 / Chicago / IEEE 等；Step 2 生成 MD 后用 Pandoc 可用时生成 DOCX，否则提供转换说明；Step 3 生成 LaTeX（对应 document class，如 APA 7.0 用 apa7 class）；Step 4 用户确认内容正确后用 tectonic 编译 PDF；字体 Times New Roman（英文）+ Source Han Serif TC VF（中文）+ Courier New（等宽）；IRON RULE：PDF 必须从 LaTeX 编译，禁止 HTML-to-PDF。
  51. 可选设置 ARS_CLAIM_AUDIT=1 在 Stage 4 → Stage 5 转换启用 L3 claim-faithfulness audit gate：在 v3.7.1 Cite-Time Provenance Finalizer 之后、formatter_agent 硬门之前派发 claim_ref_alignment_audit_agent；输出 claim_audit_results[] + uncited_assertions[] + claim_drifts[] + constraint_violations[] + audit_sampling_summaries[]；HIGH-WARN 类通过 formatter REFUSE 规则6-10拒绝输出；默认 OFF。
  52. 可选设置 ARS_PASSPORT_RESET=1 将 FULL 检查点提升为 context-reset 边界；在新会话用 resume_from_passport=<hash> 从记录阶段继续；加载 Material Passport (Schema 9)，定位 kind: boundary 匹配 hash 且没有后续 kind: resume 消费；若 pending_decision 设置，先触发 decision prompt 捕获分支选择，即使提供 stage= 也不跳过；之后按 stage=<n> CLI override、matched option 的 next_stage、boundary 的 next 字段确定下一阶段；CLI stage=/mode= 覆盖优先；emit 需 ARS_PASSPORT_RESET=1，resume 不需；在新 Claude Code 会话调用。
  53. 输出语言跟随用户；学术术语保留英文。
  54. 在每次阶段转换时注入核心原则提醒，防止长对话 context rot：当前阶段 -> 下一阶段、下一阶段最相关的 IRON RULE、要避免的 Anti-Pattern、质量检查、Checkpoint 类型与需确认内容。
  55. 若用户在中途进入或带着已有论文进入，先走 Mid-Entry Protocol 检测材料、识别缺口、建议回填；若材料足够则直接进入指定阶段，但不能跳过 Stage 2.5，除非有之前完整性报告且内容未修改。
  56. 在 Stage 5 完成后设置 FULL 检查点（Final Paper delivered，before Stage 6），不能降为 SLIM；在 Stage 5 入口门设置 MANDATORY 检查点，用户明确确认继续并做 finalization-format 决定（citation style），LaTeX 问题和内容确认留在 Stage 5 执行。
  57. 若启用 ARS_PASSPORT_RESET=1，在 emitting session 写入 kind: boundary 条目；resume 时不需要 flag，任何 session 可对带有效 boundary 匹配 hash 的 passport 调用 resume_from_passport=<hash>；在全新 Claude Code session 调用以避免无 token 节省和丢失仍活跃上下文。
  58. 运行 #660 和 #672 时保持独立 carrier 和独立失败语义：保留 schema-valid #660 degraded artifact 于 exit 1；#672 合同/运行时失败不写 artifact，只记录 bounded ADVISORY_UNAVAILABLE:<CODE>；两者都不能改变 Stage 4.5、阻塞或延迟既有检查点、或改变 Stage 5 路由。
  59. 在 Stage 6 非强制跳过时，标记 skipped，pipeline 全局状态仍可 completed；当 Stage 6 运行时，终端确认词为 finish / end / done / confirm 或明确自然语言等价表达；变更请求保持 in_progress，不视为确认。
  60. 配置 ARS_CROSS_MODEL 时，Collaboration Depth Observer 双模型运行并标记任何维度分歧 >2 分；分数绝不静默跨模型平均。
  61. 在使用 claim audit 时，按 references/claim_audit_calibration_protocol.md 校准：gold-set shape (T-C3)、threshold gates FNR<0.15 / FPR<0.10 (T-C1)、per-class FNR/FPR reporting (T-C2)；通过 PYTHONPATH=. python3 -m unittest scripts.test_claim_audit_calibration -v 重跑。

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